行政事业单位内部控制薄弱的主要原因有以下几个方面：
1. 内部控制观念淡薄
良好的内部控制意识是内部控制制度设计完善和有效运行的基本前提。但一些单位的领导对内部控制制度重要性的认识还不到位，内控意识不强，重发展、轻控制，对内部控制知识缺乏基本了解，把内部控制看成仅是财务部门的事。
2.内部控制制度不完善
财政部制定的《内部会计控制规范》主要是针对企业的，对行政事业单位的适用性较差；有的单位虽然制定了一系列内控制度，但未能严格执行，对制度的执行及效果缺乏必要的监督，导致有章不循、违章不究，内部控制制度未能发挥应有的作用。
3.信息与沟通衔接不够
行政事业单位会计集中核算后，由会计核算中心对行政事业单位集中办理会计核算和监督业务，由于会计主体单位与核算部门不一致，双方沟通衔接不够，极易形成账物分离的资产管理现状，造成核算中心管账不管物、核算单位管物不管账、账物不符的问题，影响单位内部控制制度的有效实施。
4.管理人员业务素质不能适应内部控制工作的需要
管理人员竞争意识差，缺乏创新精神，业务素质难以满足实施内部控制和监督的要求。
5.外部监督对单位内部控制健全性和有效性的监督检查不够
目前作为行政事业单位主要外部监督力量的财政、审计部门，大多偏重于对单位财政资金的运用是否合法、合规进行监督，较少对被审计单位是否建立有效的内部控制制度以及有效执行加以实质性检查。缺少有效的外部监督，使行政事业单位内部控制制度体系完善失去外部推动力和约束机制。
