第一步，计算出超过金融企业同期同类贷款利率所支付的利息。
甲企业向关联企业C公司借款3000万元，按18%支付一年期利息540万元。向关联企业C公司贷款支付利息540万元，银行同类同期贷款利率为10%。因此，超过银行同类同期贷款利率所支付的利息240万元不允许税前扣除。
第二步，用关联利息支出总额扣除第一步计算出的数额(以下简称不超金融利率利息)，再计算超过关联债资比例的利息支出。
《财政部、国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》(财税〔2008〕121号)第一条规定，在计算应纳税所得额时，企业实际支付给关联方的利息支出，不超过以下规定比例和企业所得税法及其实施条例有关规定计算的部分，准予扣除，超过的部分不得在发生当期和以后年度扣除。
《国家税务总局关于印发〈特别纳税调整实施办法(试行)〉的通知》(国税发〔2009〕2号)第八十五条规定，企业所得税法第四十六条所称不得在计算应纳税所得额时扣除的利息支出，应按以下公式计算：
不得扣除利息支出=年度实际支付的全部关联方利息×(1-标准比例÷关联债资比例)。
其中：年度实际支付的全部关联方利息，包括实际支付的利息、担保费、抵押费和其他具有利息性质的费用。这里需要强调的是，“实际支付利息”是指企业按照权责发生制原则计入相关成本、费用的利息。
标准比例，是指财税〔2008〕121号文件规定的比例，即：金融企业为5∶1，其他企业为2∶1。对于标准债资比例部分的利息支出，准予税前扣除。
关联债资比例，是指企业从其全部关联方接受的债权性投资(简称关联债权投资)占企业接受的权益性投资(简称权益投资)的比例。计算公式如下：关联债资比例=年度各月平均关联债权投资之和÷年度各月平均权益投资之和。
其中：各月平均关联债权投资=(关联债权投资月初账面余额+月末账面余额)÷2
各月平均权益投资=(权益投资月初账面余额+月末账面余额)÷2
权益投资为企业资产负债表所列示的所有者权益金额。需要强调的是，企业报表的所有者权益与税法上的权益投资不同。具体有三种情况：
1.若所有者权益≥实收资本(股本)+资本公积，则权益投资=所有者权益;
2.若所有者权益<实收资本(股本)+资本公积，则权益投资=实收资本(股本)+资本公积;
3.若实收资本(股本)+资本公积<实收资本(股本)，则权益投资=实收资本(股本)。
需要特别指出的是，公式中“年度实际支付的全部关联方利息”不应包括不符合独立交易原则多付的利息，因其已经先行作为不得税前扣除的利息处理，不应再作为计算基数来计算另一项不得税前扣除利息。这一点税法规定尚不明确，需要企业与税务机关进行沟通。
第三步，超过关联债资比例的利息支出在各关联企业间分摊。
这一步在计算确定分摊比例时，相关税收法规没有进一步规定。但是一些财务人员对国税发〔2009〕2号的规定，即“企业所得税法第四十六条规定不得在计算应纳税所得额时扣除的利息支出，不得结转到以后纳税年度;应按照实际支付给各关联方利息占关联方利息总额的比例，在各关联方之间进行分配，其中，分配给实际税负高于企业的境内关联方的利息准予扣除”断章取义，按支付给各关联方的实际利息占关联方实际利息支出总额的比例进行分摊，导致出现错误的结果。正确的方法是按支付给各关联方的不超金融利率利息占关联方不超金融利率利息支出总额的比例进行分摊。分配比例=实际支付给各关联方利息支出÷实际支付给关联方利息支出总额。
对分配给关联方的利息支出部分，按下列原则处理：
1.分配给境内关联方的利息支出。
若境内关联方的实际税负高于本企业的，超过比例部分的利息支出允许扣除;若境内关联方的实际税负低于本企业的，若企业能够按规定提供相关资料，并证明相关交易活动符合独立交易原则的，超过比例部分的利息支出允许扣除。
对不符合上述条件的，超过比例部分的利息支出不允许扣除。
这里注意两点：一是实际税负，是指按照《国家税务总局关于印发〈中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表〉的通知》(国税发〔2008〕114号)中的《对外投资情况表》(表八)的规定，计算方法为：实际税负=实际缴纳的所得税÷应纳税所得额。二是对境内关联方取得的上述超过比例部分的利息收入，应作为关联方的应税收入计征企业所得税。
2.分配给境外关联方的利息支出，不允许扣除。
财税〔2008〕121号文件规定企业的实际税负不高于境内关联方的，其实际支付给境内关联方的利息支出，在计算应纳税所得额时准予扣除。那么企业支付给境外关联方的利息支出如何扣除呢?国税发〔2009〕2号文件第八十八条规定，直接或间接实际支付给境外关联方的利息应视同分配的股息，按照股息和利息分别适用的所得税税率差补征企业所得税，如已扣缴的所得税税款多于按股息计算应征所得税税款，多出的部分不予退税。
第四步，计算借款利息支出不允许税前扣除金额。
不允许税前扣除的关联借款利息支出=不符合相关性原则的利息支出+超过金融企业同期同类贷款利率标准的利息支出+超过规定债资比例不允许税前扣除的利息支出。
注意，这里说的不允许税前扣除，是指不允许在本期和以后纳税年度进行扣除，会产生永久性应纳税差异。
如果企业存在向非关联方借款，又向关联方借款，既存在股东出资不到位，又存在向关联方借款债资比例超限情况，计算不得扣除的利息时，应分别计算。企业年度不得扣除的借款利息支出=因向非关联方的借款利率超限不得扣除部分+股东出资未到位因素的不得扣除部分+向关联方借款债资比例额超限不得扣除部分。
